Сэм Фишер может больше не прятаться по укрытиям, а участвовать в полномасштабной войне. Обновленная система Mark & Execute позволяет зрелищно казнить буквально целые отряды врагов. Фишер сможет даже вызывать авиаудары. Тем не менее, привычную манеру прохождения никто не отменял — при желании игрок может проходить миссии «скрытно».

Всего в игре будет доступно три стиля прохождения, названные «призрак» (скрытное прохождение с возможностью не смертельно нейтрализовать врагов), «пантера» (скрытное прохождение с устранением врагов) и «штурм» (прямое столкновение).

После событий Conviction проходит 6 месяцев. «Третий эшелон» был расформирован.

Террористы из Ближней Азии пригрозили США устроить серию терактов, если США не прекратит свою интервенцию в их страны. Террористы создали «черный список», в котором высказали угрозы, которые они обязательно приведут в исполнение, если не будут выполнены их требования. Президент США лично обращается к Сэму Фишеру за помощью. Сэм соглашается, но приводит свои требования и создается «Четвертый эшелон», во главе которого становится сам Сэм Фишер, а его помощником становится старая боевая подруга — Анна Гримсдоттир. Президент сообщает Сэму, что это самая страшная угроза в истории США и дает ему «Пятую свободу», свободу защищать первые четыре свободы.